Строительство мечети Марджани в 1767?1770 годах было воплощением начала периода религиозной терпимости в России. Во время визита Екатерины Великой в Казань представители татарской слободы, знатные казанские купцы, пожаловались «матушке-заступнице» на то, что гонения со стороны властей не позволяют им реализовывать свои религиозные потребности. Будучи сторонницей веротерпимости, императрица повелела губернатору А. Н. Квашнину-Самарину не препятствовать строительству мусульманских религиозных сооружений.
Названий было несколько, изначально - Первая соборная, далее - Эфенди (Господская), Юнусовская (по фамилии купцов Юнусовых - меценатов мечети) и аль-Марджани в честь имама Шигабутдина Марджани, служившего в ней во 2-й половине 19 века и много сделавшего для развития религиозного образования в городе.
Особенностью мечети Марджани является соединение в архитектуре средневекового стиля мечетей с минаретом на крыше, традиционного татарского декоративного орнамента и элементов «петербургского» барокко в оформлении фасадов и интерьеров. Архитектором мечети был В. И. Кафтыров.
В советские годы мечеть Марджани была единственной действующей в Казани.
На протяжении многих лет мечеть Марджани - место проведения культурных мероприятий мусульманской общественности, ритуала никах, обрядов Курбан-байрама и Ураза-байрама и т. д. Рядом с мечетью расположены здание Духовного управления мусульман Татарстана, Казанский исламский колледж, магазины продуктов халяль и мусульманской литературы.
Мечеть Марджани - одна из достопримечательностей Старо-Татарской слободы и открыта для туристов, с соблюдением правил посещения религиозных мусульманских заведений (обувь оставляется при входе, обязательны платки и юбки для женщин).