Центральная усадьба заповедника размещается в поселке Майский. Уникально географическое положение заповедника, он находится в восточной части Северо-восточного Прибайкалья на стыке трех крупных горных массивов - Баргузинского, Икатского и Южно-Муйского хребтов. Сердцем заповедника можно назвать восхитительную, чарующую, священную Амутскую реликтовую ледниковую котловину, с расположенными в ней сетью кристально чистых озер.
Фауна заповедника представлена 201 видом животных. Обитают лось, кабарга, изюбрь, кабан, сибирская косуля, реже встречаются северный олень, волк, лисица, бурый медведь, рысь и росомаха. Из рыб встречаются хариус, ленок, таймень, налим, речной гольян, амурская шиповка.
Источники расположены в 8 км к западу от села Алла. Здесь горячие воды с температурой от +55 до +77 °C выходят на поверхность у подножия Баргузинского хребта, в долине реки Аллы. Источники пользуются широкой известностью, кроме местных жителей сюда приезжают лечиться из разных районов республики и других областей.
Широко известны минеральные воды Гаргинского источника, который находится в долине реки Гарги в 33 км от села Могойто. Термальная вода источника извергается из трещин скал на правом склоне долины реки при выходе ее из Икатского хребта, на высоте около 100 м. Температура воды ?74…-75 ?С. Кроме высоколечебных термальных свойств воды, большую популярность источнику создают окружающий горный ландшафт с живописным густым лесом, здоровый чистый воздух и горная красивая, стремительная река Гарга со светлой, прозрачной водой.
Кучигерские минеральные источники выходят у северо-западного борта Баргузинского хребта, в 4-5 км от села Улюнхан. Характерная особенность этих источников - разные температурные условия воды, от +21 до +75 °C. Источники примечательны еще и тем, что термальные воды, проходя через рыхлые отложения и обогащая их сероводородом, создают значительные запасы лечебной сероводородной грязи.
На территории заповедника «Джергинский» располагается множество крупных и мелких высокогорных озер. Из всех природных достопримечательностей заповедника в особом ряду стоят пока еще слабо изученные озера Амутской котловины. В озере Амут встречаются хариус, ленок, налим, речной гольян, в озерах Чурикто и Балан-Тамур - хариус, ленок, таймень, налим и речной гольян. Озера расположены в высокогорном поясе, частично захватывая верхнюю границу леса.
Из зверей часто можно встретить зайца, северную пищуху, волка, бурого медведя, сибирскую кабаргу, благородного оленя, лося, северного оленя. Однако эти озера интересны не только с научной, но и с культурно-познавательной точки зрения. Когда-то они имели культовое значение у местного населения. В частности, на берегу оз. Балан-Тамур еще в древности был установлен культовый столб с вырезанной на нем молитвой на санскрите.
Месторасположение: Республика Бурятия, Курумканский р-н, пос. Майский.