Алексиевская пустынь была основана в 19 веке. В 1891 году здесь на деньги купчихи Анны Афанасьевны Аушкиной был заложен храм во имя Алексия Человека Божьего. Храм строился оп проекту архитектора К. В. Терского несколько лет в эклектическом стиле, строительство было завершено в 1903 году. Интерьеры церкви выдержаны в стиле классицизм. Во времена коммунистов пустынь разорили и разрушили.
Новая страница в истории храма открылась в 90-х годах прошлого столетия: обитель была восстановлена благодаря деятельности священника о. Алексия Василенко и частных меценатов. В 1992 году здесь появляется Православная Обитель-Братство Милосердия.
Монастырь, как и в давние времен на Руси, настоящий культурный и просветительский центр. Здесь работает православная классическая гимназия, которая была открыта в 1996 году. А в 2001 году здесь открылся кадетский корпус, в котором мальчишки изучают как предметы общего курса, так и обязательно военные дисциплины. Еще одно очень важное учреждение, которое находится при обители - это детский приют. Свой дом здесь нашли более 200 детей. Для них насельники монастыря устраивают летние археологические экспедиции, в ходе которых воспитанники помогают пополнять музейную коллекцию. Коллекции его имеет разные направленности - археологическая, нумизматическая, палеонтологическая, минералогическая, энтомологическая и другие. Отдельные собрания посвящены морю, старинным фотокарточкам, космонавтике, есть коллекция посвященная знаменитому путешественнику Федору Конюхову, который часто бывает в монастыре и является одним из преподавателей гимназии. Функционирует здесь и хорошая библиотека.
Расстояние от Москвы около 160 километров. Двигаясь по Ярославскому шоссе в сторону Переяславля-Залесского, нужно свернуть по указателю на Слободку, после поворота ехать около 2-3 километров, после моста над речкой Кубрь дорога приведет в Новоалексеевку, где монастырь и находится. Проводятся в обитель и организованные паломнические поездки.