Впервые Большую Фанагорийскую пещеру описал турецкий исследователь Эвлией Челеби, посетивший ее еще в 17 веке. В своих очерках путешественник отмечал, что в центральном зале пещеры находится огромная бронзовая статуя, превосходящая в размерах человеческий рост. Современные исследователи статуи, к сожалению, не нашли, но определенно установили, что столкнулись с одной из самых больших и загадочных пещер Европы.
Фанагорийская пещера находится в долине реки Аюк в 12 км от одноименного села. Круглый вход в пещеру диаметром около полутора метров расположен на склоне горы на высоте 300 м над уровнем моря. Узкий тоннель, ведущий в центральный зал пещеры, имеет протяженность около 10 м. А в самом зале можно свободно перемещаться в полный рост. Здесь же находится главный сталагмит пещеры - «Перелаз». Столь незамысловатое название происходит от простого глагола: чтобы продвинуться дальше по пещере, сталагмит необходимо перелезть. Кстати, раньше в пещере красовались десятки великолепных сталактитов и сталагмитов, отчего и саму пещеру часто называют Сталактитовой, однако же большинство из них были уничтожены. Общая протяженность пещеры составляет почти 1500 м. Она заканчивается двойным разветвлением: один ход завален, а второй слишком узок для дальнейшего исследования.
Считается, что раньше длина Фанагорийской пещеры составляла почти 25 км, а карстовый подземный тоннель достигал Черного моря. Но позже размеры пещеры уменьшились в результате обвала. Также известно, что в прошлом пещера считалась священной. Сюда приходили молиться и жители окрестностей, и паломники со всей России. Более того, для кавказцев Фанагорийская пещера имела примерно такое же значение, как и Шамбала для тибетцев.
Стоит отметить, что Фанагорийская пещера имеет еще и медицинское значение. Здешний слабоионизированный воздух способен лечить болезни дыхательных путей, в частности, астму. Впервые это обнаружил полковник Каменев - один из инициаторов основания курорта Горячий Ключ. Исследования по изучению целебного микроклимата пещеры периодически возобновляются и в настоящее время. В пещере всегда прохладно - около +9 °C, и эта отметка никогда не меняется. Здесь, в вечной прохладе и мраке, обитают несколько видов летучих мышей и всяческие насекомые.
От станицы Фанагорийской к пещере ведет грунтовая дорога, изрядно потрепанная временем и дождями. Первые километры можно проехать беспрепятственно, но дальше без внедорожника не обойтись: дорога буквально утопает в слякоти и не просыхает даже летом. Поэтому для пешего прохода лучше надеть высокую влагозащитную обувь.