Район Горный Чарыш находится в междуречье Чарыша и Ануя, протянувшись почти параллельно вееру северных хребтов, вместе с Бащелакским хребетом. Его средние высоты составляют 1600-1800 м, высшая точка 2432 м. Южнее, за долиной Чарыша, лежат Коргонский хребет (высоты до 2480 м, протяженность около 200 км) и Коксуйский хребет (высшая точка 2598 м, длина около 100 км). Последний в северной части стыкуется с Тигирекским хребтом, ориентированным почти в широтном направлении (высшая отметка 2293 м, длина около 200 км). По району проходит граница между Алтайским краем и Республикой Алтай.
Река Чарыш является одной из крупнейших рек Горного Алтая. Горную часть бассейна Чарыша вместе с окружающими хребтами называют также Горным Чарышом.
Климат Горного Чарыша умеренный континентальный, с не слишком суровой зимой и умеренно теплым летом. Среднегорье Тигирекского, Коксуйского и Коргонского хребтов характеризуется высокой лавиноопасностью, особенно в конце зимы и начале весны.
Горный Чарыш привлекает туристов прекрасными возможностями для пешего и лыжного туризма (наиболее популярен район Королевского белка, верховий реки, с многочисленными снежниками и небольшими горными озерцами), водного и спелеотуризма.
Крупных озер в районе нет, в верховьях притоков Чарыша встречаются небольшие каровые озера, как правило, довольно глубокие. На северо-западе Бащелакского хребта на высоте 1750 м лежит озеро Бащелакское глубиной до 23 м, с чистейшей бирюзовой водой. Неподалеку расположено озеро Талицкое, еще более глубокое. Есть и совсем маленькие (до 100 м в диаметре), но чрезвычайно живописные озера - «блюдца». Значительные группы каровых озер находятся в верховьях рек Коргон и Иня.
Чарышские пещеры. Основную часть природных достопримечательностей в Горном Чарыше составляют пещеры. В Чарышских пещерах многие исследователи находили останки вымерших животных: мамонта, шерстистого носорога, бизона, пещерной гиены, ископаемого оленя, а также кости зверей, которые еще в позапрошлом столетии населяли Горный Алтай. По предположению ученых некоторые пещеры были жилищем древнего человека.