Село Могочино было основано в 1726 году. В те времена оно носило имя «Могочинские юрты» и было селькупским поселком. Поселение росло неспешно, к концу XIX века на его территории находилось 28 дворов. Период активного развития села пришелся на 20-е годы 20 века. Именно тогда на территории Могочино было построено крупное деревообрабатывающее предприятие.
В советское время на территории села жило немало ссыльных поселенцев, депортированных немцев, а также бывших зажиточных крестьян, которые бежали, пытаясь спастись от насильственного раскулачивания. В 1990-е деревообрабатывающий завод был закрыт, большая часть молодого населения покинула район, быстро ставший бесперспективным.
На сегодняшний день численность населения с трудом достигает 3000 человек, большая часть местных жителей - пенсионеры. Многие семьи покинули свои сельские дома еще в 90-е после закрытия завода.
На сегодняшний день Могочино формально нельзя назвать ни селом, ни деревней, ни даже рабочим поселком, поскольку на его территории нет ни одного промышленного или сельскохозяйственного предприятия. После строительства Свято-Никольского женского монастыря в село на смену покинувшим свои дома семьям приехали «церковники».
Монастырь был основан 1 октября 1989 года. Его строительство происходило исключительно за счет пожертвований благодетелей, централизованное финансирование привлечено не было. Строительство столь завораживающего масштабного монастыря в глубинке во многом связывают с подвигом невинно сосланных в село за время репрессий.
Другой целью его возведения стало очищение древних языческих мест, не встречавшихся с церковной благодатью. Вокруг монастыря с момента его образования существует что-то, напоминающее православную общину, в которой живут церковники-волонтеры. В Могочино съезжаются люди со всей страны, монастырь ежегодно собирает сотни паломников.